A Gyermekgyógyászati Klinika a progresszív betegellátás csúcsintézménye, regionális és sok esetben országos centrum-szintű feladatokkal. Klinikánkon nem csak magas szintű betegellátás, de orvosképzés és nemzetközi színvonalú orvosi kutatói tevékenység is folyik. Az általános gyermekgyógyászati ellátáson túl, számos szubspecialitás, mint gasztroenterológia, nefrológia, neurológia, endokrinológia, immunológia és allergológia, kardiológia, hemato-onkológia, pulmonológia, klinikai genetika, infektológia, működik fekvő- és járóbeteg ellátás formájában.

Neonatális Intenzív Centrumunk (NIC) a Szülészeti Klinika épületében működik, a súlyos állapotú újszülöttek és koraszülöttek ellátását végzik.

Gyermeksebészeti Osztályunkon az újszülött sebészet, urológia, onkológia és fejlődési rendellenességek sebészeti kezelése zajlik, regionális centrumként működve.