Az 1924-ben átadott klinika nyugati épületszárnya 2005-ben került átalakításra, a kórtermek és szakrendelők berendezéseit a Gyermekklinika alapítványára befolyt összegekből biztosították, és vállalkozók adományából ekkor létesült az intézetben Kápolna is. Az ökumenikus Kápolna átadására 2005. december 19-én, bensőséges karácsonyi ünnepséget követően került sor. Felavatását a történelmi egyházak vezető képviselői végezték.

A kápolna Tiffany ablaka Lakatos Aranka szobrászművész alkotása, bútorait Bíró Nándor fafaragó művész tervezte és készítette el.

A betegségben támaszt, a szenvedésben enyhülést jelenthet a beteg gyermekek és szüleik számára az intézményen belül rendelkezésre álló ökumenikus kápolna, ahol a történelmi egyházak képviselői lelki gondozói órákat is tartanak.